上，刘君韬还增加了不少的新机构：

增加财政部：对大明各地由票号改组而成的银行进行管理，并且统管原户部的朝廷财政大权。刘君韬提名原幕府商部部长唐宇出任大明第一任财政部部长。

下设财政司：对接大明两京一十三省、安西都护府、北庭都护府、瀚海都护府每年的收支与报销；

下设工商司：负责大明各地所有工坊和商贸的管理，以及各种物资的生产、专利的贩卖，对大明境内的商事进行干预和收取各种行政费用；原幕府工商司司丞崔宁留用。

下设中央银行：负责对大明所有民间、官办银行进行管理，并且开始筹备银票向纸币过度的事宜，同时对民间借贷进行管理；原幕府金融司司丞徐萍留用。

下设府库司：管辖和储备各种战略物资，并且根据朝廷的实际需要进行调拨和记录；原幕府府库司司丞何信留用。

下设税务司：负责大明各种税赋的制定、征收、减免等事宜，负责大明商税的征收事宜。

下设海关司：负责大明对外贸易关税的征收。

在刘君韬设计的财政部体制中，还要承担包括大明银行的管制、新的税制、士绅一体纳税和原始发票的推行、推行结合大明实际情况的土地承包所有制等一系列的大举措。

当然为了减少阻力，这些新政在一定程度上也是承认现有大地主、大豪强、大士绅的部分利益，并没有全面推翻重来。

增加教育部：掌管大明各地正在陆续筹建之中的新式学堂、军校，组织大明每年的升学考试、结业考试，以及三年一次的科举考试，为大明各种人才；同时，教育部还会开设各种技能考试，为各种能人办法朝廷公认的证书。

原幕府民部教化司司丞郭昌敬留任教育部司丞。

增加监察部：刘君韬将原都察院、六科给事中等御史言官衙门全部合并到监察部中，负责对大明各级官吏进行督查，一经发现违法事宜，负责向法堂提出弹劾。

增加法堂：负责大明的司法审判，并且在大明各省、府县设立独立的法院，专门审理各种诉讼，不受大明各级衙门的管理，法堂与各地法院直属于大明皇帝。

原幕府法堂司司丞康铭留用。

增加医护部：负责大明各地正在筹建的医馆的管理，并且负责大明医药的研发、使用，负责对抗大明各地的瘟疫等医学事务。刘君韬还将太医院也并入医护部之中，原幕府医护司司丞岑熵留用。

增加中情部：负责大明内、外情报的搜集、核查、汇总上报。

下设坊间司、朝堂司、番邦司，分别对民间、各级官府、外国的情报进行搜查，原幕府情报部司丞刘尚、刘忠、刘夏、郭翼分别出任司丞和副司丞。

同时，刘君韬将南、北镇抚司衙门全部并入了中情部，原幕府情报部部长刘子安出任中情部部长，原北镇抚司指挥使出任副部长。

增加赞画部，专门就大明内外时局为刘君韬和成化帝建议。原幕府赞画部部长张玉清出任部长。

下设战略司：负责大明整体军事战略的制定，以及对各方势力的军事态势的制定，由原幕府战略司司丞赵凌出任司丞；

下设参谋司：负责大军出征的临场谋划，以及各种计策参考；并且对大明出~台的各项政策进行甄别和完善，由原幕府参谋司司丞赵炳义出任司丞；

下设档案司：负责收集各种战略、历史、情报资料，并且存档备查，为战略司和参谋司做出决断资料支持，由原幕府档案司司丞曹继旺出任司丞；

此外，刘君韬将原幕府中枢部的文案司、政令司、发展司的司丞、人员，全部充实到内阁之中，这三个司全部作为内阁的下设部门，原幕府中枢部司丞杨启凡、贺之命、陈瑞全部留任司丞。

至于原六部众官吏，刘君韬则是组织